また、タンパク質は加熱すると変性して吸収効率が落ちてしまいます。この加熱変性による吸収効率の低下には諸説ありますが、いずれにせよ生で食べられるものに関しては、極力生で食べるのが良いでしょう。ただし、プロテインスコアが1.00である卵に関しては、卵白に含まれるアビジンがビタミンB群の一種であるビオチンの吸収を阻害してしまうため、生卵に関しては摂りすぎに注意しましょう。日本人は元来魚介類の生食文化を持っているため、お刺身などは積極的に食べた方が良いでしょう。お肉を食べるときも、なるべく加熱しない食べ方の方が良いですから、牛肉であればステーキをレアでいただくとか、ローストビーフにしていただく方が良いでしょう。

肉や魚介類に関しては、畜産物や養殖物はなるべく避け、天然ものを選ぶべきでしょう。なぜなら畜産物や養殖物では、与えられている飼料に問題があることが多いからです。畜産や養殖では、飼料のほぼ全てが輸入品であり、その飼料用農産物のほとんどがGM作物（遺伝子組み換え作物）です。さらに短期間で効率的に肥育するために、エサの中に抗生物質、成長ホルモン、農薬、除草剤、GM食品など様々な物質が加えられています。そういった有害物質は、家畜や養殖魚などの体の中で排泄されることなく濃縮していきます。これを生物濃縮といいます。この生物濃縮によって、その家畜の体内にはその家畜のエサに含まれる有害物質の濃度よりもはるかに高濃度の有害物質が検出されるのです。特にそういった有害物質の多くは脂溶性ですから、脂肪部分に蓄積しやすいのです。ところが人間にとって必要不可欠な栄養素であるビタミンのうち、ビタミンA、ビタミンD、ビタミンE、ビタミンKなどは脂溶性ビタミンであり、同様に脂肪部分に含まれていますから、汚染された肉の脂肪をよけて食べれば良いのではなく、やはり汚染の少ない肉を選んで脂肪ごと食べた方が良いという事になります。

自然界に生きる野生動物であっても、環境汚染によって重金属やダイオキシン類などの有害物質が生物濃縮されている可能性があります。しかしそれでも畜産物や養殖物よりはまだましでしょう。いずれにしても、動物性食品を選ぶときは、その飼育環境まで考える必要があるという事です。

同様に乳製品もまた、乳牛の飼育環境によって牛乳の質が大きく変わります。牛乳というのは乳牛の血液を濾したものですから、乳牛の健康状態が質を大きく左右します。そういったことの安全性が確保されているのならば、チーズやバターなどの乳製品を摂ることは問題ないでしょう。ただし乳糖不耐の人は、乳糖の含まれる牛乳やヨーグルトは避けた方が良いでしょう。

大豆製品に関しては、とにかくGM食品ではないかどうか、しっかりと確認するべきです。さらに農薬や化学肥料の使用の有無も気になるところです。なるべく安全・安心な大豆を用いた食品を選ぶようにするべきでしょう。